Avant l’arrivée des Européens, les Mi’kmaq fabriquaient leurs outils de pierre sur cette île. C’est Samuel de Champlain qui lui a donné son nom actuel, l’Isle Haute, en raison de ses hautes falaises de trois cent vingt pieds. Composées de basalte, elles sont le résultat d’éruptions volcaniques au cours du Jurassique et pourraient avoir été reliées à la crête volcanique de North Mountain sur le continent il y a deux cents millions d’années, avant la formation de la baie de Fundy.